首先從健康生豬的豬小腸黏膜提取并制成固態(tài)肝素粗品，然后進一步加工提純和精制得到肝素原料藥。肝素原料藥可以加工成標準肝素制劑，也可以進一步解聚得到低分子肝素原料藥，再制備成低分子肝素制劑。
雖然肝素的原料都來源于豬腸黏膜，但生產工藝不一樣得到的產品間差異很大。例如我國已上市的低分子肝素有達肝素、依諾肝素和那屈肝素三大類，還有一些沒有區(qū)分具體分子量統(tǒng)一命名的“低分子量肝素”。
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